入室抢劫最怕的三个证据是：直接证明犯罪事实的证据、证明犯罪嫌疑人有罪供述的证据、证明犯罪嫌疑人具备犯罪动机和目的的证据。以下是对这三个证据的详细分析：

一. 直接证明犯罪事实的证据

1. 物证：如作案工具（如刀具、撬棍等）、赃款赃物等。这些物证能够直接证明犯罪行为和有关犯罪情节。例如，在被抢劫的房间内发现的犯罪分子使用的作案工具，或带有犯罪分子指纹、血迹等痕迹的赃物，都是强有力的证据。
2. 书证：如犯罪分子的联络书信、涂改的单据等，以及相关的报案记录、警方的询问笔录等。这些书证能反映出案件的发生经过、受害者的陈述以及警方的调查情况等重要信息。
3. 视听资料、电子数据：如监控录像、通讯记录等。这些资料能够直观、准确地反映案件事实。如果案发地有监控设备，记录下了犯罪分子入室抢劫的整个过程，那么这些录像将是证明犯罪行为的关键证据。

二. 证明犯罪嫌疑人有罪供述的证据

犯罪嫌疑人的有罪供述是刑事案件中极为重要的证据之一。虽然《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条规定，只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪，但是，如果犯罪嫌疑人自愿供述罪行，且供述内容与其他证据相互印证，那么这将大大增强公诉机关的指控力度。这类证据包括犯罪嫌疑人在侦查阶段的供述笔录、亲笔供词等。

三. 证明犯罪嫌疑人具备犯罪动机和目的的证据

犯罪动机和目的是刑事案件中的重要构成要件，对于某些犯罪而言，证明犯罪嫌疑人具备犯罪动机和目的至关重要。这类证据能够揭示犯罪嫌疑人为何实施犯罪行为，以及其实施犯罪行为所追求的结果。例如，犯罪嫌疑人与被害人之间的关系证明、犯罪嫌疑人在犯罪前后的行为表现等，都可能成为证明其犯罪动机和目的的证据。

综上所述，入室抢劫最怕的三个证据直接关联到犯罪事实的认定、犯罪嫌疑人的主观故意以及犯罪动机和目的的揭示。这些证据在刑事案件中起着举足轻重的作用，对于案件的定性、量刑以及犯罪嫌疑人的命运都具有决定性的影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。