合同非正常结束，部分款抵罚款时，应在合同中明确标注“合同终止”或“合同解除”状态，并详细注明款项抵扣罚款的具体情况。具体分析如下：

一. 合同状态的标注

1. 明确合同状态：合同非正常结束时，首先需要在合同中明确标注合同的状态，如“合同终止”或“合同解除”。这是为了清晰地表明合同已经不再正常履行，为后续处理提供明确的法律依据。
2. 标注方式：可以在合同的封面、目录或专门的状态说明页中进行标注，确保醒目且易于识别。

二. 款项抵扣罚款的标注

1. 详细注明抵扣情况：在标注合同状态的同时，应详细注明部分款项抵扣罚款的具体情况。包括抵扣的罚款金额、抵扣的原因（如违约事项、违约责任等）、抵扣的日期等。
2. 法律依据：根据《合同法》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。因此，在合同中标注款项抵扣罚款的情况，是符合法律规定的。
3. 标注位置：这部分内容可以放在合同的违约条款、结算条款或专门的罚款抵扣说明页中。

三. 实际操作建议

• 例如，在合同的“合同状态”一栏中标注“本合同已于XXXX年XX月XX日终止，部分款项已抵扣罚款”，并在“罚款抵扣说明”中详细列出抵扣的罚款金额、原因和日期。
• 我建议，在标注合同状态和款项抵扣罚款时，务必确保信息的准确性和完整性。同时，双方应就标注内容达成一致意见，并签字确认，以避免后续产生不必要的纠纷。

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