合同作废的标记方式需根据合同性质、作废原因及后续管理需求综合确定，常见方式包括书面声明、条款修订、物理标记及系统记录等。具体说明如下：

1. 书面声明作废
   若合同因协商一致解除、履行完毕或存在法定无效情形（如欺诈、胁迫），双方可签署《合同解除协议》或《合同作废声明》，明确作废原因、生效时间及双方权利义务终止条款。此方式法律效力最高，适用于所有合同类型，建议由双方签字盖章并留存原件。

2. 条款修订标记
   若仅需作废合同部分条款（如价格、履行期限），可通过签署《补充协议》明确废止原条款内容，并注明“自本协议生效之日起，原合同第X条作废”。此方式适用于条款变更场景，需确保补充协议与原合同关联性清晰。

3. 物理标记作废
   对纸质合同，可在首页加盖“作废”章或手写“此合同已作废”字样，并由双方签字确认。此方式适用于内部管理或存档需求，但需配合书面声明使用，否则单独物理标记可能无法对抗第三人。

4. 系统记录作废
   若合同通过电子系统签署（如电子合同平台），可在系统中标注“已作废”状态，并保留操作日志。此方式适用于电子合同管理，需确保系统记录不可篡改且符合《电子签名法》要求。

注意事项：

• 合同作废后，建议及时通知相关第三方（如担保人、监管机构），避免因信息不对称引发纠纷。
  
• 若合同涉及抵押、质押等担保物权，需同步办理注销登记手续。
  
• 作废标记需与合同实际履行情况一致，避免因标记错误导致表见代理等法律风险。
  

如有具体合同类型或作废场景需进一步分析，可直接向我咨询。