定向减资的股东会决议，不能通过公司章程约定为三分之二多数通过。以下是详细分析：

一. 定向减资的股东会决议规则

1. 根据《公司法》第四十三条：“股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过”。这是公司法对于减资决议的法定要求。
2. 定向减资，即特定股东减少其出资额，虽然涉及的是特定股东的权益变动，但本质上仍然是公司注册资本的减少。因此，定向减资的决议也应当遵循公司法关于减资决议的表决规则。

二. 公司章程的约定与法定规则的适用

1. 公司章程是公司的基本法律文件，可以对公司的内部事务进行约定。但是，公司章程的约定不能违反公司法的强制性规定。
2. 在定向减资的问题上，尽管公司章程可以约定股东会的议事方式和表决程序，但这种约定不能降低公司法对于减资决议的法定表决比例要求。也就是说，公司章程不能约定定向减资的决议只需三分之二以下的表决权通过。

三. 实际操作的注意事项

1. 在进行定向减资时，公司应当严格按照公司法的规定执行，确保决议的合法性和有效性。
2. 如果公司章程中的约定与公司法相冲突，应当以公司法的规定为准。

综上所述，定向减资的股东会决议不能通过公司章程约定为三分之二多数通过，而必须严格按照公司法的规定，经代表三分之二以上表决权的股东通过。我的观点是，这样的规定是为了保护公司债权人和全体股东的利益，确保公司资本的稳定性和安全性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。