税收违法案件一般由税务机关进行处理，而非检察院提起诉讼。具体分析如下：

一. 税收违法案件的处理主体

1. 税务机关的主导地位：税收违法案件首先由税务机关进行调查和处理。税务机关负责税收的征收、管理和监督，对税收违法行为有权进行查处。
2. 检察院的职责：检察院主要负责刑事案件的公诉，对于触犯刑法的行为，由检察院代表国家向法院提起公诉。但税收违法案件，除非涉及刑事犯罪，否则不由检察院提起诉讼。

二. 税收违法案件的处理流程

1. 税务机关调查：税务机关在发现或接到举报后，会对涉嫌税收违法的案件进行调查，包括查阅账簿、询问当事人等。
2. 作出处理决定：根据调查结果，税务机关会依法作出处理决定，如补税、罚款、滞纳金等。
3. 执行与救济：当事人对税务机关的处理决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

三. 特殊情况

1. 涉及刑事犯罪：如果税收违法行为涉嫌刑事犯罪，如逃税罪，那么案件可能会由税务机关移送公安机关，进而由检察院提起公诉。
2. 行政与刑事的衔接：在税收违法案件中，如果行为同时触犯了行政法规和刑法，那么会存在行政处理与刑事处罚的衔接问题。但即便如此，税收违法案件的起诉主体仍然是法院，而非检察院直接提起诉讼。

我建议：对于税收违法案件，当事人应当积极配合税务机关的调查，依法履行纳税义务。如果涉及争议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。