新公司法第八十八条的适用原则主要遵循“法不溯及既往”的原则，同时兼顾参照适用。具体分析如下：

一. “法不溯及既往”原则

1. 原则内容：根据《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（一）》第一条，公司法实施后，人民法院尚未审结的和新受理的民事案件，其民事行为或事件发生在公司法实施以前的，适用当时的法律法规和司法解释。这一原则明确了新公司法对于其实施前已发生的民事行为或事件不具有溯及力。
2. 实例说明：假设某公司在旧公司法实施期间签订了一份合同，但新公司法实施后该合同引发了纠纷。在这种情况下，处理该纠纷时应适用旧公司法的相关规定，而非新公司法第八十八条。

二. 参照适用原则

1. 原则内容：根据《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（一）》第二条，因公司法实施前有关民事行为或者事件发生纠纷起诉到人民法院的，如当时的法律法规和司法解释没有明确规定时，可参照适用公司法的有关规定。这一原则为处理新公司法实施前发生的、且当时法律法规未明确规定的事项提供了依据。
2. 实例说明：假设在新公司法实施前，某公司进行了某项行为，但该行为在当时的公司法中并未明确规定如何处理。若该行为在新公司法中有明确规定，且适用该规定更有利于保护当事人合法权益、维护社会经济秩序时，人民法院可以参照适用新公司法的相关规定进行处理。

综上所述，新公司法第八十八条的适用原则主要遵循“法不溯及既往”的原则，对于其实施前已发生的民事行为或事件不具有溯及力；同时，在特定情况下，如当时法律法规未明确规定时，可参照适用新公司法的相关规定。我的观点是，在处理具体案件时，应严格根据案件事实和时间节点，结合相关法律法规和司法解释的规定，准确判断新公司法第八十八条的适用性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。