父亲有案底确实可能影响在部队的儿子。以下是对这一问题的详细分析：
政审方面：
- 军队对人员的政治素质要求较高，征兵政审中会对家庭成员的政治情况进行严格审查。如果父亲有案底，尤其是涉及危害国家主权、安全和发展利益等重大犯罪行为，儿子可能无法通过政审，进而影响其在部队的发展。例如，如果父亲因从事间谍活动被判刑，儿子将很难通过军队的政审，可能无法实现参军的梦想或晋升。
心理及社交影响：
- 虽然这一影响相对间接，但不容忽视。父亲有案底可能会给儿子带来一定的心理压力，担心他人的看法和评价，进而影响其在部队的表现和人际关系。长期的心理负担还可能对儿子的心理健康产生不利影响。
职业前景：
- 在部队中，除了基本的军事技能外，个人的政治背景也是评价其是否适合担任某些重要职务的重要考量因素。父亲有案底可能会成为儿子在职业晋升或担任特定职务时的障碍。
综上所述，父亲有案底确实可能在多个方面对在部队的儿子产生影响。然而，这些影响并非绝对，具体情况还需根据相关政策规定及实际情况来判断。如果儿子在部队中遇到因父亲案底而产生的困扰或问题，建议及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和支持。