公司与员工签合作协议，其有效性需视具体情况而定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 有效的情况：
   • 协议内容符合法律规定，双方具有相应的民事行为能力，且意思表示真实。
   • 协议约定的合作事项不违反法律法规的强制性规定，不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。
   • 协议的形式符合法律要求，如需要书面形式等。

在这些条件下，公司与员工签订的合作协议通常是有效的。它反映了双方的真实合作意愿，并受到法律的保护。

1. 可能无效的情况：
   • 协议违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 协议存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的因素。
   • 协议的主体，即公司或员工，不具备相应的民事行为能力。
   • 名义上是合作协议，实际上却是为了规避劳动法律法规对劳动者权益的保护，如逃避缴纳社保、加班费等义务。

在这些情况下，合作协议可能会被判定为无效。特别是当协议被用作掩盖实际劳动关系的手段时，法院往往会根据实质重于形式的原则，认定其无效。

因此，在签订合作协议时，双方应确保协议内容的合法性、真实性和完整性。同时，也要注意协议的形式要求，以避免因形式不当而影响协议的效力。如果公司在与员工签订合作协议时存在任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。