公司和员工签订合作协议是有一定作用的，但具体效果取决于协议的内容、签订目的以及双方的实际履行情况。以下从不同角度为你详细分析：
一、合作协议的法律效力
合作协议，本质上是一种合同，只要双方具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议就具有法律效力，对双方均具有约束力。这意味着，一旦签订，双方都需要按照协议的约定来履行各自的义务，否则可能面临违约责任。
二、合作协议在劳动工伤（劳动仲裁）领域的作用
明确双方关系：合作协议可以明确双方是合作关系而非劳动关系。这在劳动工伤领域尤为重要，因为劳动关系的认定直接影响到工伤认定、赔偿等问题的处理。如果双方被认定为劳动关系，那么员工在发生工伤时，公司需要承担相应的工伤保险责任；而如果被认定为合作关系，则可能不适用工伤保险的相关规定。
约定责任分担：合作协议中可以约定在合作过程中发生意外或伤害时的责任分担方式。这有助于在发生纠纷时，明确双方的责任，减少争议和冲突。
作为证据使用：在劳动仲裁或诉讼过程中，合作协议可以作为证明双方关系、约定内容等事实的证据。这有助于仲裁机构或法院更准确地了解案件情况，作出公正的裁决。
三、合作协议在合同纠纷领域的作用
规范双方行为：合作协议可以详细规定双方的权利和义务，包括合作内容、合作方式、合作期限、收益分配、违约责任等。这有助于规范双方的行为，确保合作的顺利进行。
预防纠纷发生：通过明确约定各项条款，合作协议可以预防因理解不一致或约定不明确而引发的纠纷。即使发生纠纷，也可以依据协议中的约定进行解决，减少争议和冲突。
提供解决依据：在合同纠纷发生时，合作协议是解决纠纷的重要依据。双方可以依据协议中的约定进行协商、调解或诉讼，以维护自己的合法权益。
四、注意事项
协议内容要合法合规：合作协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反强制性规定或公序良俗。否则，该协议可能被认定为无效或部分无效。
协议条款要明确具体：合作协议中的条款应当明确具体，避免使用模糊或歧义的表述。这有助于减少争议和冲突，确保协议的顺利履行。
双方要诚信履行：合作协议签订后，双方应当诚信履行各自的义务。任何一方不得擅自变更或解除协议，否则可能面临违约责任。
建议：在签订合作协议前，公司应当仔细审查协议内容，确保合法合规且明确具体。同时，员工也应当认真阅读协议条款，了解自己的权利和义务。如果双方对协议内容存在疑问或争议，可以寻求专业律师的帮助进行解释和协商。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。