公司更换新主体后，即使免费用原公司的商标使用权，也必须依法签订商标许可使用合同，并办理相关备案手续。以下是对此问题的详细分析：

一. 商标许可使用合同的必要性

1. 法律依据：根据《商标法》的相关规定，商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标。这意味着，即使公司更换了新主体，但想要继续使用原公司的商标，就必须与原商标所有者签订商标许可使用合同。
2. 合同内容：合同中应明确双方的权利和义务，包括商标使用的范围、期限、类型（如普通许可、排他许可或独占许可）以及质量监督条款等。即使是无偿使用，这些条款也都需要明确，以确保双方权益。

二. 办理商标许可备案手续

1. 备案要求：签订商标许可使用合同后，还需要向商标局办理备案手续。这是法律规定的必要步骤，以确保商标许可的合法性和有效性。
2. 备案材料：备案时需要提交包括商标许可使用合同备案申请书、双方主体资格证明文件、商标注册证复印件及合同副本等材料。

三. 监督与纠纷处理

1. 监督使用：在商标使用过程中，原商标所有者（许可方）有权监督新公司（被许可方）的商标使用情况，确保其按合同约定使用。
2. 纠纷处理：如果发生商标纠纷，双方应首先尝试友好协商解决。协商不成时，可以依法向人民法院提起诉讼或请求工商行政管理部门处理。

四. 特别注意事项

• 商标权的稳定性：在签订商标许可使用合同前，应确保所授权商标权无权属争议或法律纠纷。
• 授权范围的明确性：合同中必须明确商标的授权范围和使用方式，以避免未来可能出现的纠纷。

我建议：即使公司更换了新主体，并且打算免费用原公司的商标使用权，也必须严格按照法律规定签订商标许可使用合同，并办理相关备案手续。这是保护双方权益、确保商标合法使用的必要步骤。如有进一步需要，您可以继续咨询我。