盖有事业单位公章的借款，原则上应由该事业单位承担还款责任。以下是对这一问题的详细分析：

一、公章的法律意义与还款责任

公章是事业单位对外进行活动、表达意思的重要象征。当借条上盖有事业单位的公章时，这通常表明借款行为是以该事业单位名义作出的，所借款项也往往用于事业单位的运行或相关事务。因此，根据法律原则，既然借条上盖的是事业单位的公章，就应当由该事业单位来承担还款责任。

二、特殊情况及法律责任

尽管一般原则是由盖章的事业单位承担还款责任，但在某些特殊情况下，这一原则可能会有所调整：

1. 借款实际由个人使用：

   • 如果能证明虽然借条盖了公章，但借款实际上是事业单位内部某个人私自使用，且事业单位对此并不知情，那么个人可能需要承担相应的偿还责任。

2. 表见代理情形：

   • 如果盖章人本身没有代表事业单位借款的权限，但债权人有理由相信其有代理权，这种情况下事业单位仍可能要承担还款责任。事业单位承担责任后，可以向有过错的盖章人进行追偿。

3. 违法违规情况：

   • 如果借条上的内容存在违法违规的情况，或者借款并未实际用于事业单位的运行，而是被个人挪用或侵占，这可能涉及到其他法律责任和追偿问题。

三、纠纷解决途径

在发生纠纷时，双方应首先尝试友好协商。如果协商不成，债权人可以向法院提起诉讼，通过法律途径明确还款责任主体。在诉讼过程中，双方需要提供充分的相关证据来支持自己的主张。

四、结论与建议

综上所述，对于盖有事业单位公章的借款，原则上应由盖章的事业单位承担还款责任。然而，在实际操作中还需考虑各种特殊情况及可能的法律责任。因此，在遇到此类问题时，建议直接向我咨询，以便进行详细的法律咨询和风险评估，确保自身权益得到充分保护。