补发发票证明应由乙方，也就是开票方盖章。具体分析如下：

一. 补发发票证明的责任归属

1. 开票方的责任：根据发票管理的相关规定，开具发票是销售商品或提供服务方的法定责任。因此，当发票遗失或需要补发时，理应由开票方（通常是乙方）出具相关证明，并加盖其印章以确认证明的有效性。
2. 甲方的角色：甲方作为购买方或服务接受方，在发票遗失的情况下，可能需要向乙方提出补发发票的要求，但并不承担出具补发发票证明的责任。

二. 盖章的要求

1. 乙方应盖发票专用章：根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条的规定，开具纸质发票应当加盖发票专用章。因此，在补发发票证明上，乙方应加盖其发票专用章，以符合法规要求。
2. 非公章或财务章：虽然公章和财务章在某些情况下也具有法律效力，但在发票管理上，应严格按照规定使用发票专用章。因此，补发发票证明上不应加盖公章或财务章。

综上所述，补发发票证明应由乙方盖章，且应加盖发票专用章。这是符合发票管理法规的，也能确保证明的有效性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。