重大项目合作不上报可能涉及违规或违法行为，应依据相关法律法规进行处理。具体分析如下：

一. 法律责任与处理措施

1. 违规行为的法律责任：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关法律法规，重大项目合作通常需要按照规定的程序进行上报和审批。如果相关责任人未按规定上报，可能构成违规或违法行为，需承担相应的法律责任。
2. 行政处理措施：对于未上报的重大项目合作，相关行政部门可能会进行调查，并根据调查结果对责任人进行行政处罚，如警告、罚款、撤销职务等。
3. 法律追究：如果未上报的行为导致严重后果，如项目失败、资金损失等，相关责任人可能还会面临法律追究，包括刑事责任和民事责任。

二. 建议与措施

1. 加强内部管理：企业应建立完善的内部管理制度，明确重大项目合作的上报和审批流程，确保所有项目都按规定程序进行。
2. 加强监管与审计：相关部门应加强对重大项目合作的监管和审计，及时发现和纠正违规行为。
3. 法律咨询与培训：企业应聘请专业律师进行法律咨询和培训，提高员工的法律意识和合规意识。

我建议，对于重大项目合作不上报的情况，应尽快进行内部调查，查明原因，并采取相应的补救措施。同时，加强内部管理和监管，确保类似情况不再发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。