结论前置：从员工工资中扣除工会费，在员工自愿加入工会并同意代扣，且企业按照法定程序操作的情况下是合法的。若未经员工同意或未履行法定程序，则属于非法扣除。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国工会法》明确规定，工会经费的来源包括工会会员缴纳的会费，会员应按月向工会组织缴纳会费，缴纳比例为本人每月工资收入的0.5%。同时，企业也需按每月全部职工工资总额的2%向工会拨缴经费。
   • 《中华人民共和国工资支付暂行规定》第十五条指出，用人单位不得克扣劳动者工资，但并未直接提及工会费可以从工资中扣除。然而，这并不排除在员工自愿并同意的情况下，企业按照法定程序代扣工会费的可能性。

2. 合法性条件：

   • 员工自愿加入工会：员工必须自愿申请加入工会，成为工会会员后，才有义务缴纳会费。非会员无需缴纳工会会费。
   • 明确告知与同意：在员工入会时，工会或用人单位应明确告知会费的缴纳标准、方式及用途，并确保员工在知情的情况下自愿同意从工资中代扣会费。
   • 规范操作：用人单位在代扣工会费时，应遵循相关法律法规和财务制度，确保操作规范透明，不得擅自提高收费标准或扩大收费范围。

3. 非法扣除情形：

   • 若员工未加入工会，企业擅自从工资中扣除工会费，属于违法行为。
   • 若企业扣除工会费的标准不符合规定，或未按照法定程序告知员工，同样构成非法扣除。

4. 员工权益保障：

   • 如果员工对工会费扣除存在疑问或争议，应先与企业的工会组织或人力资源部门进行沟通。
   • 若沟通无果，员工有权向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等途径维护自身合法权益。

综上所述，从员工工资中扣除工会费并非一概而论地合法或非法，而需根据员工是否自愿加入工会、企业是否履行法定程序以及扣除标准是否符合规定等因素综合判断。企业和员工都应遵守相关法律法规，确保工会费的缴纳与使用合法合规。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。