村干部违反三资管理规定，将会受到相应的惩处。具体来说：

1. 党纪政务处分：根据违规情节的严重程度，村干部可能会受到党内警告、留党察看、开除党籍等党纪处分，或者政务处分如记过、记大过、降级、撤职等。例如，湖南省澧县火连坡镇金山村原党总支书记孙某某因违规套取项目资金并坐收坐支等问题，被给予留党察看二年处分。

2. 追缴违纪资金：对于违反三资管理规定获取的非法收益，相关部门将会进行追缴。如常德市纪委监委在专项整治行动中，就追缴了违纪资金304.1万元。

3. 法律责任：如果村干部的行为构成犯罪，如贪污、挪用公款等，还将依法追究刑事责任。

此外，为了规范农村集体“三资”管理，相关部门还会采取一系列措施，如加强监督检查、完善管理制度、推动信息公开等，以确保村集体资产的安全和有效利用。

总的来说，村干部违反三资管理规定将会受到严肃处理，不仅可能面临党纪政务处分和追缴违纪资金，还可能承担法律责任。因此，村干部应当严格遵守相关规定，确保村集体资产的安全和合规管理。