对违法农村集体资产管理规定的处罚，主要由农村审计机构依法采取多种处理措施。具体来说：
一. 处理措施
根据《吉林省农村审计条例》第三十五条，对被审计单位和个人违反国家和省关于财经管理、农村集体资产管理有关法律、法规和规定的行为，农村审计机构可以区别情况依法采取下列处理措施：
- 责令限期缴纳应当上缴农村集体经济组织的款项；
- 责令限期退还被侵占的农村集体资产；
- 责令限期退还违法所得；
- 责令按照国家统一的会计制度的有关规定进行处理；
- 其他处理措施。
二. 责任事项
在处罚过程中，相关责任部门需履行以下责任：
- 立案责任：发现涉嫌违法行为，予以审查，决定是否立案。
- 调查取证责任：对立案的案件，指定专人负责，及时组织调查取证，确保执法人员不少于两人，并出示执法证件。同时，执法人员应保守有关秘密。
- 审查责任：对案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面进行审查，提出处理意见。
- 告知责任：在作出行政处罚决定前，应制作《行政处罚告知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。若符合听证规定，还需制作《行政处罚听证告知书》。
- 听证责任：对符合听证规定的案件，举行听证会，并形成听证笔录和审计听证报告书。
- 决定责任：制作《行政处罚决定书》，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或听证情况等内容。
- 送达责任：按照法律规定的方式将行政处罚决定书送达当事人。
- 执行责任：依照生效的行政处罚决定执行。
三. 法律依据
上述责任事项的履行，主要依据以下法律法规：
- 《中华人民共和国行政处罚法》第五十四条第二款：符合立案标准的，行政机关应当及时立案。
- 《中华人民共和国行政处罚法》第五十四条第一款、第四十二条第一款、第四十三条第一款和第二款：关于调查取证、执法人员资格及回避的规定。
- 《中华人民共和国行政处罚法》第五十七条第一款和第二款：关于调查结果审查及决定的规定。
- 《中华人民共和国行政处罚法》第四十四条：关于告知当事人权利的规定。
- 《中华人民共和国行政处罚法》第六十三条：关于听证权利的规定。
- 《中华人民共和国行政处罚法》第五十九条、第六十一条第一款：关于行政处罚决定书制作及送达的规定。
- 《中华人民共和国行政处罚法》第六十六条第一款、第七十二条：关于行政处罚决定执行及逾期不履行处罚措施的规定。
综上所述，对违法农村集体资产管理规定的处罚，农村审计机构将依法采取多种处理措施，并确保整个处罚过程的合法性和规范性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。