对违反植物检疫法规调运林木种苗或者木材的，植物检疫机构应当责令纠正，可以处以罚款；造成损失的，应当负责赔偿；构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。具体处罚流程如下：

1. 责令纠正与罚款：

   • 植物检疫机构在发现违反植物检疫法规调运林木种苗或者木材的行为后，首先会责令行为人纠正其违法行为。
   • 根据违规情节的严重程度，植物检疫机构可以处以相应的罚款。

2. 赔偿损失：

   • 如果违规行为造成了实际的损失，如疫情扩散导致的经济损失或生态破坏，行为人应当负责赔偿这些损失。

3. 没收与销毁：

   • 对于违反规定调运的植物和植物产品，植物检疫机构有权予以封存、没收。
   • 在某些情况下，为了防止疫情扩散或保护生态环境，植物检疫机构可能会决定销毁这些非法调运的植物和植物产品。销毁所需费用由责任人承担。

4. 追究刑事责任：

   • 如果违规行为构成犯罪，如违反《中华人民共和国刑法》第三百三十七条关于动植物检疫的规定，引起重大动植物疫情或存在引起重大疫情的危险，且情节严重，那么将由司法机关依法追究行为人的刑事责任。

5. 其他处罚：

   • 除了上述处罚外，根据《中华人民共和国森林法实施条例》第四十四条，对于无木材运输证运输木材的行为，县级以上人民政府林业主管部门还可以没收非法运输的木材，并对货主处以非法运输木材价款30%以下的罚款。

• 例如，某公司未经检疫擅自调运林木种苗，被植物检疫机构发现后，首先会被责令纠正并可能面临罚款。如果这一行为导致了疫情扩散，公司还需要赔偿因此造成的损失。如果情节严重构成犯罪，公司及其相关责任人员还可能被追究刑事责任。

综上所述，对违反植物检疫法规调运林木种苗或者木材的处罚流程涉及责令纠正、罚款、赔偿损失、没收与销毁以及追究刑事责任等多个环节。我建议相关行为人严格遵守植物检疫法规，避免不必要的法律风险和损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。