惩办违法犯罪分子主要由公安机关、检察机关和人民法院共同负责，具体执行依据犯罪的性质和严重程度而定。

一. 公安机关

• 公安机关是负责侦查犯罪的主要机关，对于发现的犯罪行为，公安机关会进行立案侦查，收集证据，抓捕犯罪嫌疑人，并依法对犯罪嫌疑人采取强制措施，如拘留、逮捕等。
• 例如，对于盗窃、抢劫等一般刑事案件，公安机关会负责侦办，并依法将犯罪嫌疑人移送检察机关审查起诉。

二. 检察机关

• 检察机关负责审查公安机关移送起诉的案件，对犯罪嫌疑人提起公诉，并监督公安机关的侦查活动是否合法。
• 检察机关在审查起诉过程中，若发现案件证据不足或存在其他问题，可以退回公安机关补充侦查或依法作出不起诉决定。

三. 人民法院

• 人民法院是审判机关，负责审理检察机关提起公诉的刑事案件，并依法作出判决。
• 对于被判处拘役、有期徒刑、无期徒刑甚至死刑的犯罪分子，由人民法院根据犯罪事实、性质、情节和社会危害程度依法判处。

综上所述，惩办违法犯罪分子是一个涉及公安机关、检察机关和人民法院等多个机关的复杂过程。公安机关负责侦查犯罪，检察机关负责审查起诉，人民法院负责审判。各机关各司其职，共同维护社会治安和法律秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。