在公司被小人陷害导致扣钱是不合法的。

首先，根据《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当依法依规，按照劳动合同的约定，并经过劳动者的同意，准时全额发放劳动报酬。如果公司基于不实指控或诬陷而扣除员工的薪资，这严重侵犯了劳动者公平获得相应劳动报酬的权益。

其次，面对这种情况，劳动者有权要求用人单位出具合法且理由充分的扣薪解释。如果用人单位无法提供合理的解释，劳动者可以首先尝试与用人单位进行协商，寻求解决之道。如果协商无果，劳动者可以向当地的劳工监察部门进行投诉，或者提起劳动争议仲裁申诉，以维护自己的合法权益。

在此过程中，劳动者务必妥善保留相关证据，如劳动合同、工资单、工作记录等，以证实自己的工作状况和薪资待遇，为后续的维权行动提供有力的支持。

综上所述，公司在没有合法依据的情况下扣除员工的薪资是不合法的，劳动者有权采取相应措施来维护自己的权益。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。