针对“旅行社不保存合同的违法所得怎么算”的问题，首先我们要明确的是，旅行社未妥善保存合同是违反相关法律法规的行为，具体来说，是违反了《旅行社条例实施细则》的相关规定。

结论前置：旅行社未妥善保存各类旅游合同及相关文件、资料，保存期不够两年，由县级以上旅游行政管理部门责令改正，没收违法所得，并处违法所得3倍以下但最高不超过3万元的罚款；没有违法所得的，处1万元以下的罚款。

详细分析：

1. 法规依据：

   • 根据《旅行社条例实施细则》第五十条，旅行社应当妥善保存招徕、组织、接待旅游者的各类合同及相关文件、资料，以备县级以上旅游行政管理部门核查。这些合同及文件、资料的保存期应当不少于两年。
   • 若违反上述规定，即未妥善保存合同及相关资料，或保存期不足两年，将依据《旅行社条例实施细则》第六十五条进行处罚。

2. 处罚措施：

   • 对于有违法所得的情况，县级以上旅游行政管理部门将责令旅行社改正，没收违法所得，并处以违法所得3倍以下但最高不超过3万元的罚款。
   • 对于没有违法所得的情况，将处以1万元以下的罚款。

3. 实际案例：

   • 以呼伦贝尔市草原风光旅行社有限公司为例，该公司因未妥善保存各类旅游合同及相关文件、资料，保存期不够两年，被呼伦贝尔市文化旅游广电局依据《旅行社条例实施细则》第六十五条规定，责令改正违法行为，并给予罚款两千元的行政处罚。

综上所述，旅行社不保存合同的违法所得，将由县级以上旅游行政管理部门根据具体情况进行处罚，包括没收违法所得和罚款。罚款的具体数额将依据违法所得的多少和违法情节的严重程度来确定。若旅行社没有违法所得，也将面临一定数额的罚款。因此，旅行社应严格遵守相关法律法规，妥善保存合同及相关资料，以避免不必要的法律风险。