招商银行卡限额1000是否合法，取决于该限额的设定是否符合相关法律法规及银行规定。

首先，银行有权根据风险防控、客户信用状况、交易习惯等多种因素，对银行卡的交易限额进行设定和调整。这是银行为了保障资金安全、防范金融风险而采取的一种常见措施。因此，从银行管理的角度来看，设定限额是合法的。

其次，限额的具体数额，如1000元，是否合法，则需要看这一数额的设定是否合理、是否违反了相关法律法规或监管规定。如果银行在设定限额时，遵循了相关法律法规，且该限额符合监管要求，那么这一限额就是合法的。

此外，如果客户对限额有异议，可以通过与银行协商、申请调整限额等方式来解决问题。银行在接到客户的申请后，也会根据客户的实际情况和风险评估结果，对限额进行相应的调整。

综上所述，招商银行卡限额1000是否合法，需要具体看该限额的设定是否符合相关法律法规及银行规定。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。