补偿款写成借条通常是不妥当的，因为补偿款和借款在性质上存在明显的差异。补偿款是基于特定的法律事实或合同约定而应当支付的款项，而借条则主要用于借贷关系，重点在于借款的归还事宜。

如果将补偿款写成借条，可能会在后续引发法律纠纷时，使对方有机会以借贷关系为借口进行抗辩，从而不利于自身合法权益的维护。

从法律层面来看，应当依据具体的情形来明确补偿款的性质以及支付的方式，并且要留存相关的证据，如协议、文件等。这些证据对于证明补偿款的性质和支付方式至关重要。

如果已经不慎将补偿款写成了借条，那么应当尽快与对方进行协商修改，清楚地表明款项的性质为补偿款，并注明相关的法律依据以及实际情况。这样可以最大程度地减少可能的法律风险和纠纷。

除了协商修改借条外，还可以通过补充协议的方式来明确款项的性质。例如，在原有借条的基础上，双方可以共同签署一份补充协议，详细说明该款项实际为补偿款，并阐述相关的法律依据和事实情况。这样既能保留借条作为一定的书面证据，又能通过补充协议清晰地界定款项性质。

总之，处理补偿款的问题时，一定要根据具体的法律关系以及实际状况，妥善地书写和管理，以避免可能出现的法律风险和纠纷。如果遇到任何疑问或困难，建议咨询专业的法律人士以获取更准确的法律意见和帮助。