对方公司欠款超过三年未主张，现在对方不认账，很可能面临诉讼时效已过的问题。

在欠款纠纷中，如果超过了法定的诉讼时效期间未主张权利，那么对方确实有可能以诉讼时效已过为由进行抗辩，一旦抗辩成功，你将丧失胜诉的权利。按照我国法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。

不过，即使诉讼时效期间届满，如果对方主动表示同意履行欠款义务，或者已经自愿履行了欠款义务，那么就不能再以诉讼时效期间届满为由进行抗辩。

针对你的情况，我建议如下：

1. 尝试友好协商：

   • 首先，你可以尝试与对方公司进行友好的协商，明确要求对方履行还款义务。
   • 在协商过程中，务必妥善保留好相关证据，如书面协议、聊天记录、录音等，以备不时之需。

2. 考虑诉讼时效的重新起算：

   • 如果在协商过程中，对方有明确表示愿意还款或者部分还款，或者做出了其他可能导致诉讼时效重新起算的行为，那么你可以依据这些新的事实来主张你的权利。

3. 寻求法律途径：

   • 如果协商无果，且你确定要追究对方的法律责任，那么你可以考虑通过法律途径来维护你的权益。
   • 在此之前，建议你咨询专业律师，对你的案件进行全面评估，并制定合适的诉讼策略。

4. 注意保留证据：

   • 无论你选择哪种方式，都要确保保留好所有与欠款相关的证据，包括合同、发票、转账记录、聊天记录等。
   • 这些证据将是你主张权利的重要依据，也是你胜诉的关键。

总之，面对这种情况，你需要充分了解法律规定，积极采取行动，并妥善保留好相关证据，以维护自身的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。