是否需要对跑过网约车的车辆进行罚款，取决于具体情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 合规运营情况：

   • 如果车辆在运营网约车时，已经取得了所有必要的合法手续，如网约车运营许可证、驾驶员资格证等，并且遵守了所有相关的法律法规，那么被运输局查处时，通常不会因为合规运营而被罚款。

2. 违规运营情况：

   • 如果车辆在未取得合法手续的情况下运营网约车，或者违反了相关的法律法规（如超载、未按规定路线行驶、未购买相应保险等），那么被运输局查处时，很可能会面临罚款等行政处罚。

3. 罚款的确定：

   • 罚款的具体数额和处罚措施，会根据违规的严重程度、当地的法律法规以及运输局的具体政策来确定。
   • 在某些情况下，除了罚款，还可能面临车辆被暂扣、运营资格被吊销等更严重的后果。

4. 建议与应对措施：

   • 如果你正在或计划运营网约车，建议首先确保所有手续齐全，并严格遵守相关法律法规。
   • 如果不幸被查处，应积极配合运输局的调查，并根据实际情况采取相应的应对措施，如缴纳罚款、整改违规行为等。

综上所述，是否需要对跑过网约车的车辆进行罚款，取决于车辆是否合规运营以及是否违反了相关法律法规。如果你有更具体的情况或疑问，可以直接向我咨询。