母子不在同一户口本，可通过办理亲属关系公证证明母子关系，以便向保险公司申请赔偿。具体分析如下：

一. 办理亲属关系公证

1. 公证事项：根据《中华人民共和国公证法》第十一条规定，公证机构办理下列公证事项，其中包括“亲属关系”。因此，母子关系作为亲属关系的一种，可以向公证机构申请公证。
2. 公证效力：经过公证的亲属关系具有法律效力，可以作为向保险公司证明母子关系的有效凭证。

二. 公证办理流程

1. 准备材料：通常需要准备身份证、户口本（如有）、出生证明、结婚证（如父母已婚）等相关材料。由于母子不在同一户口本，出生证明或其他能证明母子关系的材料将尤为重要。
2. 前往公证处：携带准备好的材料，前往当地公证处申请办理亲属关系公证。
3. 公证办理：公证处会根据提供的材料进行审查，并可能要求当事人提供额外的证明材料或进行面谈。
4. 领取公证书：公证办理完成后，当事人可以领取公证书，该公证书即可作为证明母子关系的有效凭证。

三. 向保险公司申请赔偿

1. 提交公证书：在申请保险赔偿时，将亲属关系公证书作为证明母子关系的材料提交给保险公司。
2. 其他材料：同时，还需要提交其他相关材料，如保险单、事故证明、医疗费用发票等，以证明保险事故的发生和损失情况。

我建议您尽快准备相关材料，前往当地公证处申请办理亲属关系公证，以便及时向保险公司申请赔偿。如有进一步需要，您可以继续咨询我。