已经入住的酒店房间被他人占用是违法的。下面我将从法律角度详细解释这一问题：

1. 侵犯住宿者合法权益：

   • 当你入住酒店并支付相应费用后，你与酒店之间就形成了住宿服务合同关系。酒店有义务为你提供符合约定的住宿服务，包括确保你入住的房间在住宿期间不被他人占用。
   • 如果酒店房间在你入住期间被他人占用，酒店的行为就构成了对住宿服务合同的违约，侵犯了你的合法权益。

2. 可能涉及的法律责任：

   • 酒店作为服务提供者，应当对其违约行为承担法律责任。你可以要求酒店承担违约责任，包括但不限于赔偿损失、道歉等。
   • 如果酒店房间被他人非法占用，且酒店未能及时采取有效措施防止或纠正这一行为，酒店还可能因此承担侵权责任。

3. 应对措施：

   • 首先，你应当立即与酒店前台或管理人员联系，说明情况并要求酒店立即解决。
   • 如果酒店未能及时解决或拒绝承担责任，你可以考虑向消费者协会或相关监管部门投诉，以维护自己的合法权益。
   • 在必要时，你还可以考虑通过法律途径追究酒店的责任，包括提起诉讼等。

综上所述，已经入住的酒店房间被他人占用是违法的，侵犯了你的合法权益。你应当立即与酒店联系并要求解决，如果酒店未能有效解决或拒绝承担责任，你可以采取进一步的法律措施来维护自己的权益。