意外险能否抵扣公司后期的赔偿款，并非由某一条单一的法律规定直接决定，而是需要结合多部法律的相关规定进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一. 从工伤保险的角度分析

1. 《工伤保险条例》第二条：规定中华人民共和国境内的企业、事业单位、社会团体、民办非企业单位、基金会、律师事务所、会计师事务所等组织和有雇工的个体工商户应当依照本条例规定参加工伤保险，为本单位全部职工或者雇工缴纳工伤保险费。这说明参加工伤保险是用人单位的法定义务。

2. 《工伤保险条例》第六十二条：规定依照本条例规定应当参加工伤保险而未参加工伤保险的用人单位职工发生工伤的，由该用人单位按照本条例规定的工伤保险待遇项目和标准支付费用。这进一步强调了用人单位未参加工伤保险时应承担的责任。

• 例如，某公司未为员工购买工伤保险，员工发生工伤后，公司需按照工伤保险待遇项目和标准支付费用，不能因购买了意外险而减免这部分责任。

二. 从人身意外伤害保险的角度分析

1. 《中华人民共和国保险法》第三十九条：规定人身保险的受益人由被保险人或者投保人指定。投保人指定受益人时须经被保险人同意。投保人为与其有劳动关系的劳动者投保人身保险，不得指定被保险人及其近亲属以外的人为受益人。这表明用人单位为员工购买人身意外伤害保险时，受益人不能是用人单位本身。

2. 《中华人民共和国保险法》第四十六条：规定被保险人因第三者的行为而发生死亡、伤残或者疾病等保险事故的，保险人向被保险人或者受益人给付保险金后，不享有向第三者追偿的权利，但被保险人或者受益人仍有权向第三者请求赔偿。这支持了被保险人或受益人可以获得双重赔偿的原则。

• 例如，某员工在工作中受伤，既获得了意外险的赔偿，也有权向未为其购买工伤保险的公司主张工伤保险待遇。

三. 司法实践中的观点

在司法实践中，对于意外险能否抵扣公司后期的赔偿款，不同法院可能存在不同的裁判观点。但总体而言，大多数观点倾向于认为意外险不能抵扣公司应支付的工伤保险金或其他赔偿责任。这是因为工伤保险是用人单位的法定义务，而意外险只是用人单位为员工提供的一种额外保障，不能替代工伤保险。

我的观点：结合上述法律规定和司法实践中的观点，可以明确意外险不能抵扣公司后期的赔偿款。用人单位应当依法为员工缴纳工伤保险费，并可以在此基础上为员工提供意外险等额外保障，但不能以此减免其应承担的工伤保险责任或其他赔偿责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。