申请人参加拍卖自己起诉被执行人的房产时，不可以直接用欠款充当房款。以下是对此问题的详细分析：

一. 拍卖房产的合法性

1. 拍卖程序的法律依据：根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第十条，拍卖不动产、其他财产权或者价值较高的动产的，竞买人应当于拍卖前向人民法院预交保证金。但申请执行人参加竞买的，可以不预交保证金。这一规定明确了申请执行人有权参加被执行人房屋的拍卖，并且在参加竞买时可以享受不预交保证金的待遇。

2. 拍卖房产的用途：拍卖房屋所得价款应首先用于偿还被拍卖房屋所担保的债务。在扣除拍卖费用、执行费用等必要开支后，剩余款项将按照法定程序清偿给债权人。若拍卖所得款项不足以清偿全部债务，则债权人可就不足部分继续向债务人追偿。

二. 欠款充当房款的限制

1. 债权抵付的限制：尽管申请执行人可以不预交保证金参加竞买，但并未规定申请执行人可以直接以债权款抵扣拍卖余款。根据《最高人民法院关于人民法院网络司法拍卖若干问题的规定》第十七条，保证金数额由人民法院在起拍价的百分之五至百分之二十范围内确定。竞买人应当在参加拍卖前以实名交纳保证金，未交纳的，不得参加竞买。申请执行人参加竞买的，可以不交保证金；但债权数额小于保证金数额的按差额部分交纳。

2. 债权抵付的实践操作：在实践中，如果申请执行人系所拍卖房产价款唯一受偿的债权人，且拍卖房产不存在其他优先受偿权的情形时，执行法院可以同意申请执行人提出的将执行标的款抵扣拍卖成交款的申请。但这并非普遍规则，而是基于特定情况的特殊处理。

三. 建议与注意事项

1. 遵循法定程序：在参与拍卖过程中，申请人应严格遵循法定程序，包括缴纳保证金（如适用）、参与竞拍等。

2. 保护自身权益：在拍卖成交后，申请人应确保拍卖款项的合法处置，并按照法律规定优先受偿其债权。

3. 咨询法律专业人士：由于拍卖程序及债权处置涉及复杂的法律问题，申请人应咨询法律专业人士以获取准确、全面的法律意见。

综上所述，申请人参加拍卖自己起诉被执行人的房产时，不可以直接用欠款充当房款。申请人应严格遵循法定程序参与竞拍，并在拍卖成交后依法处置拍卖款项以受偿其债权。如有进一步需要，您可以继续咨询我。