甲方在接收乙方开具的普通发票后，不应再额外扣除乙方的税金。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律依据

1. 《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条：在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务，销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。这一条款说明了增值税的纳税义务人是销售方或提供劳务方，即乙方在开具发票时已经承担了相应的纳税义务。

2. 税金的承担：税金是由销售方或提供劳务方（乙方）根据销售额和税率计算并缴纳的，购买方（甲方）在支付款项时，应支付的是包含税金在内的总价款，而不应再额外扣除税金。

二. 分析说明

• 乙方作为销售方或提供劳务方，在开具普通发票时，已经按照法律规定计算并缴纳了相应的增值税。
• 甲方作为购买方，其支付的费用应包含税金，因此不应再额外扣除乙方的税金。
• 如果甲方坚持扣除乙方税金，这将构成对乙方的不当扣款，乙方有权要求甲方纠正并补足款项。

三. 结论与建议

• 结论：甲方在接收乙方开具的普通发票后，不应再额外扣除乙方的税金。
• 建议：如果甲方坚持扣除税金，乙方应与甲方进行沟通，明确税金的承担方式，并保留好相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。