跨境保函的费用通常由申请人承担。以下是对这一结论的详细分析：

一. 保函费用的承担原则

1. 申请人预交：根据《诉讼费用交纳办法》的相关规定，申请保全措施的申请费由申请人负担。这意味着，当事人在向人民法院申请财产保全时，需要提供相应的担保，并根据保全财产的申请数额交纳一定的费用。这些费用在性质上属于案件受理费，必须由申请人先行交纳。跨境保函作为财产保全的一种形式，其费用承担也遵循这一原则。

2. 败诉方最终承担：虽然保全费用最初由申请人承担，但最终的承担方可能会根据案件的判决结果发生变化。一般来说，如果申请人胜诉，那么保全费用可能会作为诉讼费用的一部分，由败诉方承担。如果案件部分胜诉、部分败诉，人民法院会根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额，包括保全费用。跨境保函费用也不例外。

二. 跨境保函的特殊性

• 跨境保函由于涉及不同国家或地区的法律、金融体系和监管要求，可能在具体操作和费用计算上存在一定的特殊性。然而，就费用承担的基本原则而言，仍然遵循上述的申请人预交、败诉方最终承担的原则。

三. 实际操作中的注意事项

• 在跨境保函的实际操作中，申请人需要充分了解目标国家或地区的法律法规、金融政策以及保函费用的具体计算方式和标准。
• 申请人还应与保函开具机构（如银行、保险公司等）进行充分沟通，明确费用承担的具体安排和流程。

我的建议：在涉及跨境保函的业务中，申请人应提前规划好费用预算，并密切关注案件进展和判决结果，以便及时追偿或应对可能的费用承担问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。