本诉和反诉判决互付款项，即使判决书没有明确抵消，在执行阶段一般也是可以进行抵销的，但具体能否抵销需根据案件的具体情况和相关法律规定来判断。

一. 抵销的法律依据与原则

• 根据《最高人民法院关于执行程序中多个债权人参与分配问题的若干规定》等相关法律规定，在执行过程中，如果被执行人对申请执行人享有到期债权，且该债权与申请执行人对被执行人的债权是基于同一法律关系或同一事实产生的，那么可以进行抵销。
• 抵销的原则是公平、合理，且不得损害其他债权人的合法权益。

二. 本诉与反诉判决互付款项的情况分析

1. 基于同一法律关系或事实：如果本诉和反诉的诉讼请求是基于同一法律关系或同一事实产生的，且双方互负债务，那么在执行阶段，这两笔债务是可以进行抵销的。例如，买卖合同纠纷中，买方起诉卖方要求支付违约金（本诉），卖方反诉买方要求支付剩余货款（反诉），如果两诉均获支持，且金额相当，那么在执行时可以抵销。
2. 非基于同一法律关系或事实：如果本诉和反诉的诉讼请求不是基于同一法律关系或同一事实产生的，那么这两笔债务在执行阶段一般不能进行抵销。因为这种情况下，两笔债务的性质、来源等可能完全不同，抵销可能会损害其他债权人的合法权益或违反公平原则。

三. 执行抵销的具体操作

• 在执行过程中，如果双方当事人均同意抵销，且符合上述抵销条件，那么可以向执行法院提出申请，由执行法院进行审查并作出是否允许抵销的裁定。
• 如果执行法院裁定允许抵销，那么将按照抵销后的金额进行执行；如果裁定不允许抵销，那么将按照各自的判决金额分别执行。

我建议：在实际操作中，应首先明确本诉和反诉的诉讼请求是否基于同一法律关系或同一事实产生，并据此判断在执行阶段是否可以进行抵销。如有进一步需要，您可以继续咨询我。