酒店未经法定程序擅自占用公寓电梯是不合法的。以下是对此问题的详细法律分析：

一. 从《物业管理条例》角度分析

根据《物业管理条例》第四十九条，物业管理区域内按照规划建设的公共建筑和共用设施，不得改变用途。电梯作为住宅楼的共用设施，其原始设计和规划是为了服务所有业主，而非特定酒店。因此，如果酒店未经法定程序擅自占用或改变电梯用途，如通过刷卡限制非酒店客人使用，这可能构成对公共建筑和共用设施用途的非法改变。

• 例如，某酒店未经全体业主同意，擅自占用公寓电梯作为酒店专用，这种行为就违反了《物业管理条例》的规定。

二. 从《中华人民共和国消防法》角度分析

根据《中华人民共和国消防法》第六十条，单位不得占用、堵塞、封闭疏散通道、安全出口或者有其他妨碍安全疏散的行为。电梯往往是高层建筑中的重要疏散通道，如果酒店通过刷卡系统限制了非酒店客人的使用，在紧急情况下可能会妨碍人员的安全疏散，从而违反消防法。

• 例如，在火灾等紧急情况下，如果酒店占用的电梯无法供所有业主使用，将严重妨碍安全疏散，违反《中华人民共和国消防法》的相关规定。

三. 从物业公司职责和权限角度分析

物业公司负责管理物业区域内的共用设施，包括电梯。如果物业公司未经业主大会同意，擅自允许酒店占用或改变电梯用途，这也可能违反《物业管理条例》中关于物业公司职责和权限的规定。物业公司应当维护业主的共同利益，确保共用设施的正常使用和安全性。

• 例如，某物业公司未经业主大会同意，擅自允许酒店占用公寓电梯，这种行为就违反了物业公司的职责和权限，损害了业主的共同利益。

综上所述，酒店未经法定程序擅自占用公寓电梯是不合法的。我建议相关业主或物业公司及时采取法律措施，维护自身合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。