限期整改通知书若有错误，应当通过法定程序予以撤销，而非简单地作废。具体分析如下：

一. 撤销与作废的区别

1. 撤销：是指由发出通知的机关或机构，通过正式程序取消该通知的法律效力，使其自始无效。这通常涉及对原通知的审查，确认其存在错误或不当之处。
2. 作废：一般指的是因某种原因（如过期、失效等）使文件或证件失去效用，但作废并不涉及对原文件正确性的否定。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关行政法律法规，行政机关作出的行政行为（包括限期整改通知书）应当准确无误。一旦发现行政行为有误，行政机关应当主动或依申请进行更正或撤销。
• 在税务领域，虽然《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则未直接规定限期整改通知书的撤销程序，但根据行政法的一般原则，错误的行政行为应当予以撤销。

三. 处理建议

1. 核实错误：首先，您需要仔细核实限期整改通知书中的错误，确保确实存在错误或不当之处。
2. 提出异议：一旦确认存在错误，您应当及时向发出通知的税务机关提出异议，并附上相关证据材料。
3. 申请撤销：在提出异议的同时，您可以正式申请撤销该限期整改通知书。税务机关应当对您的申请进行审查，并依法作出处理决定。

四. 后续行动

• 如果税务机关同意撤销限期整改通知书，您应当确保获得正式的撤销文件，并妥善保存以备后续可能需要的证明或参考。
• 如果税务机关不同意撤销，您可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径维护自己的合法权益。

我的观点：限期整改通知书是行政机关对纳税人作出的一种具体行政行为，一旦发现有误，应当通过法定程序予以撤销，以确保行政行为的合法性和准确性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。