《城乡规划法》第四十条并未直接规定违章建筑的处理，而是规定了建设工程规划许可证的制度。具体关于违章建筑的处理规定，主要集中在《城乡规划法》的第六十四条、第六十五条和第六十六条。以下是对相关法条的详细解读：
《城乡规划法》第四十条内容：
- 在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人必须向相应的城乡规划主管部门申请办理建设工程规划许可证。
- 申请时需提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料，并确保符合控制性详细规划和规划条件。
- 这一条款是关于建设工程规划许可的规定，是城乡建设活动必须遵循的前置程序。
违章建筑的处理规定：
- 第六十四条：未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，并可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 第六十五条：在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
- 第六十六条：对于未经批准进行临时建设、未按照批准内容进行临时建设或临时建筑超过批准期限不拆除的，由城乡规划主管部门责令限期拆除，并可以并处罚款。
总结：虽然《城乡规划法》第四十条本身并未直接规定违章建筑的处理，但它是城乡建设活动必须遵循的重要法律条款。对于违章建筑的处理，应依据该法的第六十四条、第六十五条和第六十六条等具体规定进行。这些规定明确了违章建筑的认定标准、处理方式以及相应的法律责任，旨在维护城乡规划的严肃性和权威性，保障城乡建设的健康有序发展。