法院认定的合法建筑应该记录房屋总面积。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 合法建筑认定的意义

1. 法律效力的确认：法院认定的合法建筑，意味着该建筑在法律上得到了正式的认可和保护。这种认定通常基于建筑是否符合城市规划、土地使用、建设许可等相关法律法规。
2. 权益的保障：合法建筑的认定是房屋所有权人权益的重要保障，包括房屋的占有、使用、收益和处分等权利。

二. 房屋总面积记录的重要性

1. 产权登记的基础：根据《房屋登记办法》等相关规定，房屋的总面积是产权登记的重要内容之一。它关系到房屋的所有权归属、面积大小、价值评估等多个方面。
2. 法律纠纷的解决依据：在涉及房屋买卖、租赁、继承等法律纠纷时，房屋总面积往往是判断双方权益的关键依据。准确的面积记录有助于减少纠纷，维护双方的合法权益。
3. 税费计算的依据：房屋总面积还是计算房产税、契税等税费的重要依据。准确的面积记录有助于确保税费的公平合理。

三. 法院认定与面积记录的关系

1. 认定的内容包含面积：法院在认定建筑合法性的过程中，通常会审查建筑的面积是否符合相关规定。因此，合法建筑的认定本身就包含了对面积的确认。
2. 记录是认定的必然结果：一旦建筑被法院认定为合法，那么其面积等信息就应当被正式记录，并作为产权登记和法律纠纷解决的重要依据。

综上所述，法院认定的合法建筑应该记录房屋总面积。这不仅符合法律法规的要求，也是保障房屋所有权人权益、减少法律纠纷、确保税费公平合理的重要举措。如有进一步需要，您可以继续咨询我。