在犯罪嫌疑人被羁押且手机被没收的情况下，律师需通过合法途径申请收集手机中的证据。具体操作如下：

一. 申请证据收集

1. 向办案机关提出申请：律师应当首先向负责该案件的公安机关、人民检察院或人民法院提出申请，要求收集、查看或复制手机中的相关证据。这通常需要在提交委托手续、律师执业证书等文件后进行。
2. 说明证据的重要性：在申请时，律师需要详细阐述手机中可能存在的证据对案件的重要性，以及这些证据如何能够帮助澄清案件事实或证明犯罪嫌疑人的无罪或罪轻。

二. 遵循法定程序

1. 依据刑事诉讼法规定：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，律师有权在侦查、审查起诉、审判等阶段，依法查阅、摘抄、复制本案的案卷材料。这包括与案件有关的物证、书证、证人证言、被害人陈述、犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解等材料。
2. 配合办案机关的安排：在提出申请后，律师需要等待办案机关的审批，并按照其安排的时间、地点和方式查看或复制手机中的证据。在此过程中，律师应当严格遵守法律规定和办案机关的要求，不得擅自行动或泄露案件信息。

三. 证据收集后的使用

1. 用于辩护准备：一旦收集到手机中的证据，律师应当仔细研究这些证据，并将其与案件其他证据相结合，为犯罪嫌疑人的辩护做好准备。
2. 保护证据的真实性和完整性：律师在收集和使用证据时，应当注意保护证据的真实性和完整性，避免证据被篡改或遗失。

我建议：在收集手机中的证据时，律师应当充分尊重犯罪嫌疑人的合法权益，确保其隐私不受侵犯。同时，律师也应当积极与办案机关沟通协作，共同推动案件的公正处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。