非法经营罪的经营数额不扣除成本。具体分析如下：

一. 非法经营罪的经营数额认定

1. 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪是指违反国家规定，非法经营，扰乱市场秩序，情节严重的行为。对于该罪的经营数额，法律并未规定需要扣除成本。
2. 理解应用：在非法经营罪的案件中，经营数额通常指的是行为人通过非法经营活动所获得的全部收入，而非净利润。因此，在计算经营数额时，不应扣除成本。

二. 违法所得与经营数额的关系

1. 概念区分：违法所得是指行为人通过违法活动所获得的财物，而经营数额则是指行为人在非法经营活动中所涉及的金额。在非法经营罪中，经营数额是判断罪行情节严重与否的重要依据。
2. 联系与区别：虽然违法所得与经营数额在数额上可能有所关联，但二者在法律性质和认定上存在差异。违法所得强调的是行为人通过违法活动所获得的财物，而经营数额则更侧重于行为人在非法经营活动中所涉及的金额大小。

三. 实际案例中的应用

• 例如，在某非法经营烟草的案件中，行为人通过非法销售烟草获得了10万元的收入，其中成本为3万元。在计算经营数额时，应直接以10万元作为依据，而不应扣除3万元的成本。

综上所述，非法经营罪的经营数额不扣除成本。这是基于法律对非法经营罪经营数额的认定标准以及违法所得与经营数额之间的区别与联系所得出的结论。如有进一步需要，您可以继续咨询我。