《女职工劳动保护特别规定》是由中华人民共和国国务院制定的。具体分析如下：

一. 制定主体：

• 根据公开的法律信息，《女职工劳动保护特别规定》已经2012年4月18日国务院第200次常务会议通过，并由中华人民共和国国务院令第619号公布，自公布之日起施行。这一信息明确指出了该规定的制定主体是国务院。

二. 法律依据：

• 法律依据为《女职工劳动保护特别规定》的第一条至第十六条，整个规定由国务院制定并公布，具有法律效力。其中第一条明确指出，为了减少和解决女职工在劳动中因生理特点造成的特殊困难，保护女职工健康，制定本规定。

综上所述，《女职工劳动保护特别规定》是由中华人民共和国国务院制定的，旨在保护女职工在劳动中的特殊权益和健康。如有进一步需要，您可以继续咨询我。