违反“三同时”制度，将由县级以上环境保护行政主管部门责令限期改正，并处以相应罚款；逾期不改正的，罚款额度将增加；若造成重大环境污染或生态破坏，还可能被责令停止生产或使用，甚至关闭。具体处理措施如下：
一. 责令限期改正与罚款
- 根据《建设项目环境保护管理条例》第二十三条，违反“三同时”制度，即需要配套建设的环境保护设施未建成、未经验收或者验收不合格，建设项目即投入生产或者使用，或者在环境保护设施验收中弄虚作假的，由县级以上环境保护行政主管部门责令限期改正，处20万元以上100万元以下的罚款。
- 若逾期不改正，将处100万元以上200万元以下的罚款。同时，对直接负责的主管人员和其他责任人员，也将处5万元以上20万元以下的罚款。
二. 可能的进一步措施
- 若违反“三同时”制度造成重大环境污染或者生态破坏，县级以上环境保护行政主管部门将责令停止生产或者使用，或者报经有批准权的人民政府批准，责令关闭。
- 此外，如建设单位未依法向社会公开环境保护设施验收报告，也将由县级以上环境保护行政主管部门责令公开，并处5万元以上20万元以下的罚款，并予以公告。
三. 处理流程
- 环境保护主管部门在发现涉嫌违法行为后，将进行立案、调查、审查，并告知当事人违法事实及享有的权利。
- 根据审理情况，环境保护主管部门将决定是否予以行政处罚，并制作行政处罚决定书送达当事人。
- 当事人需在决定的期限内履行生效的行政处罚决定，否则环境保护主管部门可采取进一步措施，如加处罚款或向人民法院申请强制执行。
我建议，如面临此类问题，应积极配合环境保护行政主管部门的调查与处理，及时采取措施改正违法行为，以避免更严重的法律后果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。