清障车拖运车辆损坏，赔偿应依据实际损失和责任判定来进行。具体分析如下：

一. 责任判定

1. 清障车责任：如果清障车在拖运过程中因操作不当或疏忽导致车辆损坏，那么清障车所属单位或个人应承担相应的赔偿责任。例如，清障车驾驶员在拖运时未采取必要的保护措施，导致被拖车辆刮擦或撞击。
2. 车主责任：如果车辆损坏是由于车主自身原因造成的，如车辆本身存在故障或车主未按照要求配合清障车进行拖运，那么车主可能需要自行承担损失。

二. 赔偿流程

1. 定损：在车辆损坏后，应首先由专业的评估机构或保险公司对车辆进行定损，确定损坏程度和维修费用。
2. 协商：根据定损结果，双方（清障车所属单位或个人与车主）应进行协商，确定赔偿金额和方式。
3. 赔偿：协商达成一致后，责任方应按照约定进行赔偿。如果协商不成，车主可以通过法律途径维护自己的权益。

三. 法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条：行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。依照法律规定推定行为人有过错，其不能证明自己没有过错的，应当承担侵权责任。
2. 《中华人民共和国民法典》第一千一百八十四条：侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。

我建议，在车辆被清障车拖运前，车主应确保车辆处于良好状态，并配合清障车进行拖运。如果车辆在使用过程中损坏，车主应及时保留证据，并与清障车所属单位或个人进行协商。如有进一步需要，您可以继续咨询我。