基本农田被洪水冲毁不能核销。以下是对此问题的详细分析：

一. 基本农田的法律地位与保护

1. 基本农田的重要性：基本农田是国家粮食安全的重要基础，受到法律的严格保护。
2. 法律限制：根据相关法律法规，基本农田不得随意改变用途，也不得轻易进行核销。

二. 核销的适用情况

1. 核销的定义与范围：核销通常指的是对某项资产或权益进行注销或取消，但在土地管理领域，特别是针对基本农田，核销并不是一种常规的或轻易可采取的措施。
2. 非核销情形：洪水冲毁基本农田属于自然灾害导致的损失，并不属于可以核销的情形。核销通常与土地用途变更、土地权利灭失等特定情况相关，而自然灾害导致的损失并不直接等同于这些特定情况。

三. 灾后处理与恢复

1. 灾后评估与救助：在基本农田被洪水冲毁后，应首先进行灾后评估，了解损失情况，并寻求政府救助或保险赔偿等渠道来减轻损失。
2. 土地复垦与恢复耕种：在条件允许的情况下，应尽快进行土地复垦工作，恢复基本农田的耕种能力，以确保粮食安全和土地资源的可持续利用。

综上所述，基本农田被洪水冲毁并不能作为核销的理由。相反，应积极采取措施进行灾后评估和救助，以及土地复垦和恢复耕种工作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。