中介直接扣除佣金作为定金的行为不合法。以下是对此问题的详细分析：
一. 定金与佣金的性质分析
定金：定金是担保的一种形式，是指当事人约定的为保证债权的实现由一方在履行前预先向对方给付的一定数量的货币或者其他代替物。定金具有担保合同履行的功能，其性质和用途在法律上有明确规定。
佣金：佣金是中介服务费的俗称，是基于中介公司同买卖双方中的一方或双方达成的居间合同而产生的。佣金的收取方式和标准通常会在中介合同中明确约定。
二. 中介扣除定金作为佣金的合法性分析
合同约定：如果中介合同中明确约定了中介费可以从定金中扣除，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么中介在特定情况下扣除定金作为佣金可能是合法的。然而，在实际操作中，很少有中介合同会如此约定，因为定金和佣金在法律性质上是不同的。
法律规定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，中介人促成合同成立的，委托人应当按照约定支付报酬。但中介人无权擅自将定金作为佣金扣除。定金和佣金是两个独立的法律概念，中介公司不能混为一谈。
三. 卖方的应对策略
与中介协商：卖方首先可以与中介进行协商，要求中介解释扣除定金作为佣金的原因，并提供相应的合同依据或法律依据。如果中介无法提供合理的解释或依据，卖方可以要求中介退还定金。
检查合同条款：卖方应仔细检查与中介签订的合同条款，特别是关于定金和佣金的部分。如果发现合同条款存在模糊或不合理之处，卖方可以与中介协商修改合同条款或寻求法律援助。
向相关部门投诉：如果与中介协商无果，卖方可以向当地房地产交易中心、住房保障和房产管理局等相关部门进行投诉举报。在投诉时，卖方应提供详细的证据材料，包括与中介的沟通记录、合同协议、定金支付凭证等。
寻求法律援助：如果中介的扣除定金行为严重侵犯了卖方的合法权益，并且无法通过协商和投诉解决，卖方可以考虑寻求法律援助并提起诉讼。在提起诉讼前，卖方应咨询专业律师的意见，并准备好充分的证据材料以支持自己的诉求。
我的观点：中介直接扣除佣金作为定金的行为是不合法的。卖方在遇到这种情况时，应首先与中介进行协商并要求退还定金；如果协商无果，可以向相关部门投诉举报或寻求法律援助。在维护自身权益的过程中，卖方应保留好相关证据材料以备后续维权之需。如有进一步需要，您可以继续咨询我。