首先，母公司借款用于在建工程，需要确保借款行为符合相关法律法规，并妥善处理账务和税务问题。以下是从几个关键角度给出的详细解答：

1. 法律合规性：

   • 检查公司章程、股东协议等文件，确认是否有关于母公司向子公司借款的相关规定，以及是否需要经过特定程序（如股东会决议）批准。
   • 确认借款行为是否符合公司法、税法等相关法律法规的要求，避免触犯法律红线。

2. 账务处理：

   • 子公司应将借款作为负债入账，同时记录收到的借款金额。
   • 母公司则应将借款作为债权入账，并记录借出的金额。
   • 双方应确保账务记录清晰、准确，以便后续对账和审计。

3. 税务处理：

   • 根据税法规定，母公司与子公司之间的借款可能涉及利息收入的税务问题。
   • 母公司收取的利息可能需要缴纳增值税和企业所得税，而子公司支付的利息则可能作为费用在税前扣除。
   • 双方应咨询税务专业人士，确保税务处理合规，避免税务风险。

4. 资金监管：

   • 母公司应加强对子公司借款资金使用的监管，确保资金用于在建工程，并避免资金被挪用或滥用。
   • 双方可以签订借款协议，明确借款金额、用途、还款期限和方式等条款，以加强资金监管和约束。

5. 风险防范：

   • 母公司应评估子公司的还款能力，确保借款能够按时收回。
   • 双方可以约定担保措施，如抵押、质押或第三方保证等，以降低借款风险。

综上所述，母公司借款用于在建工程需要综合考虑法律合规性、账务处理、税务处理、资金监管和风险防范等多个方面。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。