三个孩子做亲子鉴定，可以选择个人亲子鉴定或司法亲子鉴定，具体流程依据所选类型而定。

一. 个人亲子鉴定

1. 选择鉴定机构：选择具有亲子鉴定资质的正规机构，可以通过网络、朋友推荐等方式了解并比较不同机构的信誉、专业性和价格。
2. 咨询与预约：联系选定机构，咨询鉴定流程、所需材料、费用及注意事项，并进行预约。
3. 提交样本：按照机构要求，提供三个孩子及疑似父亲的样本，如血液、毛发、口腔拭子等。样本采集需遵循机构指导，确保样本的准确性和可靠性。
4. 缴纳费用：根据机构收费标准，缴纳相应鉴定费用。
5. 等待鉴定结果：机构将对样本进行DNA检测，并分析遗传信息，得出鉴定结果。通常，个人亲子鉴定结果仅供个人参考，不具有法律效力。

二. 司法亲子鉴定

1. 选择鉴定机构：与个人亲子鉴定相同，需选择具有司法亲子鉴定资质的正规机构。
2. 咨询与申请：联系机构，了解司法亲子鉴定的流程、所需材料、费用及法律要求，并提交鉴定申请。
3. 提交身份证明：司法亲子鉴定需提供所有鉴定对象的身份证明，如身份证、户口本等，以证明身份关系。
4. 样本采集：在机构指定地点，由专业人员对三个孩子及疑似父亲进行样本采集，通常包括血液样本。
5. 缴纳费用：根据机构收费标准，缴纳司法亲子鉴定费用。
6. 等待鉴定结果：机构将按照法律程序进行DNA检测，并出具具有法律效力的鉴定报告。此报告可用于法律诉讼、户籍办理等法律事务。

我的观点：三个孩子做亲子鉴定时，应首先明确鉴定目的，是仅供个人参考还是用于法律事务。根据目的选择合适的鉴定类型，并遵循相应流程进行操作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。