公司自己变压器遭雷击并不属于政府征收或拆迁的范畴，因此不涉及《国有土地上房屋征收与补偿条例》或《土地管理法》中关于征收补偿的规定。此情况下，公司应依据自身的保险情况或相关合同寻求赔偿。

一. 保险赔偿

1. 查看保险合同：首先，公司应查看是否为其变压器购买了相关保险，如财产保险或设备损坏险等。
2. 联系保险公司：若购买了保险，公司应立即联系保险公司，按照保险合同的约定进行报案，并提供相关证据和资料以便保险公司进行理赔。
3. 理赔流程：保险公司会根据保险合同的条款和条件，对公司变压器的损坏进行评估，并确定赔偿金额。公司需配合保险公司的理赔流程，包括提供必要的证明文件和接受保险公司的调查。

二. 合同赔偿

1. 检查相关合同：公司还应检查是否与其他方（如设备供应商、维修服务商等）签订了相关合同，合同中是否包含关于设备损坏的赔偿条款。
2. 依据合同条款寻求赔偿：若合同中有相关赔偿条款，公司可依据合同条款向对方提出赔偿要求，并按照合同约定的程序进行协商和处理。

三. 其他途径

1. 自行承担：若公司未购买保险且没有相关合同可以依据，那么变压器的损坏可能需要公司自行承担。
2. 寻求法律援助：若公司认为变压器的损坏是由于第三方的过错或责任造成的，可以考虑寻求法律援助，通过法律途径追究第三方的责任并要求赔偿。

我建议公司首先检查自身的保险情况和相关合同，以确定是否有赔偿途径。若有保险或合同可以依据，应尽快按照相关程序进行理赔或协商赔偿。若无法获得赔偿，公司可能需要自行承担损失或考虑通过法律途径追究责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。