新公司法在执行中的问题确实不少，这些问题涉及到公司运营的多个方面。以下是我对新公司法执行中可能遇到的一些主要问题的归纳和解析：

1. 注册资本制度相关问题：

   • 新公司法实行认缴登记制，允许股东自主约定认缴出资额、出资方式和出资期限。然而，这可能导致过长的出资期限影响公司正常运营和债权人利益。公司应制定合理的资金规划，并确保在规定期限内完成出资缴纳。
   • 取消最低注册资本限制降低了创业门槛，但也增加了市场交易风险。因此，需要加强对公司设立和运营的监管，建立健全信用体系。

2. 公司治理结构问题：

   • 新公司法扩大了董事会的职权，可能导致股东会与董事会权力失衡。公司应完善内部治理机制，明确股东会和董事会职责边界，并建立有效监督和制衡机制。
   • 监事会监督效果可能不理想，受成员独立性和专业性限制。公司应确保监事会成员独立性和专业性，通过外部聘请、建立健全工作制度和议事规则等方式保障其监督职权。

3. 股东权利保护问题：

   • 股东知情权在实践中可能受到阻碍。公司应定期披露经营状况，保障股东知情权，并提供有效救济途径，如诉讼等。
   • 中小股东处于弱势地位，权益易受侵害。公司应完善中小股东权益保护法律制度，赋予更多权利和救济途径，并加强对大股东和管理层的监管。

4. 公司合并、分立与解散清算问题：

   • 公司可能不按照法定程序进行合并、分立，损害债权人利益。应加强对公司合并、分立过程的监管，严格要求按照法定程序操作。
   • 公司解散后可能存在不清算或清算不规范的情况。应建立健全解散清算监督机制，加强对清算组的管理和监督。

5. 其他常见问题：

   • 公司法人人格否认制度的具体适用情况未明确。公司应关注相关司法解释的出台，确保自身行为符合法律法规要求。
   • 新公司法对股东出资不足的责任仅规定股东间内部责任，对善意第三人保护不利。公司应建立健全出资管理机制，确保股东出资充足。
   • 股东会议的通知和决议效力在不足规定通知期的情况下可能不明朗。公司应严格遵守股东会议通知日期的规定，确保决议的合法有效。

综上所述，新公司法在执行中确实面临诸多挑战和问题。公司应密切关注相关法律法规的变化，加强自身管理和合规建设，以确保在新法框架下稳健运营。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。