针对您提出的“关于新公司法适用中的若干问题”，我将从注册资本制度、公司治理结构、股东权利保护、公司合并、分立与解散清算以及其他常见问题等多个角度，结合新公司法的相关规定及实务操作，为您进行详细解答。

1. 注册资本制度

认缴登记制与出资期限：

• 新公司法实行认缴登记制，允许股东自主约定认缴出资额、出资方式和出资期限。然而，过长的出资期限可能影响公司正常运营和债权人利益。因此，债权人在交易前应充分了解股东出资情况，必要时可要求提供担保或缩短出资期限。公司制定章程时，也应合理确定出资期限，确保资金及时到位。

最低注册资本限制的取消：

• 取消最低注册资本限制降低了创业门槛，但同时也增加了市场交易风险。为应对这一变化，建议加强对公司设立和运营的监管，建立健全信用体系，并要求公司提供真实的经营计划和资金来源说明。

注册资本实缴期限：

• 有限责任公司股东认缴出资额应在成立之日起五年内缴足。公司应制定合理的资金规划，确保在规定期限内完成出资缴纳，避免因资金问题影响公司运营。

2. 公司治理结构

股东会、董事会职权的调整：

• 新公司法扩大了董事会的职权，可能导致股东会与董事会权力失衡。为应对这一问题，公司应完善内部治理机制，明确股东会和董事会的职责边界，并建立有效的监督和制衡机制。股东也应积极行使监督权，确保公司治理的公正性和透明度。

监事会作用的强化：

• 监事会作为公司内部监督机构，其监督效果可能受到成员独立性和专业性的限制。为确保监事会能够充分发挥作用，公司应确保监事会成员的独立性和专业性，通过外部聘请、建立健全工作制度和议事规则等方式，保障其监督职权的有效行使。

公司治理要求的加强：

• 新公司法加强了对公司治理的要求，包括信息披露、透明度和合规性等方面。这可能会增加公司的运营成本，但也有助于提升公司的信誉度和市场竞争力。因此，公司应建立健全信息披露制度，提高透明度，并加强合规管理，以降低运营风险和成本。

3. 股东权利保护

股东知情权的保障：

• 股东知情权是股东权利的重要组成部分，但在实践中可能受到阻碍。为保障股东知情权，法律应明确股东知情权的行使范围和程序，并提供有效的救济途径，如诉讼等。公司也应定期披露经营状况，确保股东能够及时了解公司的运营情况。

中小股东权益的保护：

• 中小股东在公司中往往处于弱势地位，其权益易受侵害。为保护中小股东权益，法律应完善相关制度，赋予中小股东更多权利和救济途径，如累积投票制、股东代表诉讼等。同时，也应加强对大股东和管理层的监管，防止其滥用权力损害中小股东利益。

股东出资义务与责任：

• 新公司法对股东出资义务和责任有详细规定，但执行仍存在问题。为确保股东按期足额缴纳出资，公司应建立健全出资管理制度，并对违反出资义务的行为进行严厉处罚。这有助于维护公司的资本稳定和市场信誉。

股权和债权的出资问题：

• 股权和债权作为出资方式的价值评估和合法性需进一步明确。公司在接受股权和债权作为出资时，应谨慎评估其价值真实性和合法性，并经过专业评估机构的评估。这有助于防止虚假出资和损害公司利益的行为发生。

4. 公司合并、分立与解散清算

合并、分立程序的规范：

• 公司合并、分立是公司运营中的重要环节，但可能因不按照法定程序进行而损害债权人利益。为规范公司合并、分立程序，应加强对公司合并、分立过程的监管，严格要求按照法定程序操作，并赋予债权人更多知情权和异议权。这有助于保护债权人的合法权益和维护市场秩序的稳定。

解散清算制度的完善：

• 公司解散后可能存在不清算或清算不规范的情况，导致公司财产流失和债权人利益受损。为完善解散清算制度，应建立健全解散清算监督机制，加强对清算组的管理和监督，确保清算工作依法公正进行。这有助于维护市场秩序的稳定和保护债权人的合法权益。

5. 其他常见问题

公司法人人格否认制度的适用：

• 公司法人人格否认制度是防止股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务的重要制度。然而，其具体适用情况尚未明确，需司法解释细化。公司应关注相关司法解释的出台，确保自身行为符合法律法规要求，避免被否认法人人格而承担连带责任。

股东出资不足的责任：

• 新公司法仅规定股东间内部责任，对善意第三人保护不利。为应对这一问题，公司应建立健全出资管理机制，确保股东出资充足，并加强对股东出资情况的监督和检查。这有助于防止股东出资不足损害公司利益和善意第三人权益的情况发生。

股东会议的通知和决议效力：

• 不足规定通知期的情况下作出的决议效力不明朗，可能引发纠纷。为确保股东会议决议的合法有效，公司应严格遵守股东会议通知日期的规定，并确保决议内容符合法律法规和公司章程的要求。这有助于维护公司治理的公正性和稳定性。

一人有限责任公司的特殊规定：

• 一人有限责任公司在设立和运营上享有更多便利，但也需确保独立性和债权人利益保护。一人有限责任公司应加强内部管理，确保财务透明，并建立健全自我监督机制。这有助于提升公司的信誉度和市场竞争力，并保护债权人的合法权益。

综上所述，新公司法在带来诸多变革的同时，也引发了一系列新的挑战和问题。公司应密切关注相关法律法规的变化，加强自身管理和合规建设，以确保在新法框架下稳健运营。如果您在新公司法适用过程中遇到任何具体问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我咨询。