结论前置：上级部门的批复内容与申请内容不一致时，该批复是否生效，需根据具体情况分析。若批复内容对申请内容作了实质性变更，且未经申请人同意，则批复可能不生效；若批复内容虽与申请有出入，但属于非实质性调整，或申请人已默认接受，则批复可能生效。
分析说明：
实质性变更与非实质性调整：
- 实质性变更：若上级部门的批复对申请中的关键条款、条件或要求进行了根本性改变，如改变了申请的目的、范围、期限等，这种变更通常被视为实质性变更。在此情况下，若未经申请人明确同意，批复可能不生效，因为申请人可能无法接受这种根本性的改变。
- 非实质性调整：若批复内容仅对申请中的细节进行了微调，如调整了申请的具体实施方式、时间节点等，而未改变申请的核心目的和要求，这种调整通常被视为非实质性调整。在此情况下，即使申请人未明确表达同意，批复也可能因未触及核心利益而生效。
申请人的态度：
- 明确反对：若申请人对批复中的实质性变更表示明确反对，并拒绝接受，则批复不生效。因为双方未就变更内容达成一致，批复无法对申请人产生法律约束力。
- 默认接受：若申请人在收到批复后，未对其中与申请不一致的内容提出异议，并开始按照批复的要求执行，这可以被视为申请人对批复内容的默认接受。在此情况下，批复生效，并对申请人产生法律约束力。
法律法规与程序要求：
- 在某些情况下，法律法规或行政程序可能对批复的生效条件有明确规定。例如，可能要求批复必须经申请人签字确认后才能生效。在此情况下，无论批复内容与申请内容是否一致，都需满足这些法定条件才能生效。
综上所述，上级部门的批复内容与申请内容不一致时，其生效情况需根据批复内容的性质（实质性变更或非实质性调整）、申请人的态度（明确反对或默认接受）以及法律法规与程序要求来综合判断。因此，在处理此类问题时，建议申请人仔细审查批复内容，并与上级部门进行沟通，以确保双方对批复的理解和执行达成一致。如有任何疑问或争议，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。