针对“户主不让同户口人居住是否合法”的问题，首先我们需要明确一点：户口登记主要是为了维持社会秩序，保护公民的权利和利益。根据《中华人民共和国户口登记条例》的相关规定，户口登记以户为单位，同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。这意味着，户主通常是该户口的管理者和代表，负责相关的户口登记工作。

然而，户口登记条例并未明确规定户主有权决定同户口人的居住权。居住权是一个更为复杂的问题，它涉及到物权、家庭关系法以及个人权利与自由等多个法律领域。在实际生活中，同户口人（如家庭成员）的居住权通常受到家庭关系法、物权法以及相关民事法律的保护。

因此，户主单方面决定不让同户口人居住，可能并不符合法律规定，尤其是当这种决定侵犯了同户口人的合法权益时。例如，如果户主是父母，而同户口人是子女，父母无权随意剥夺子女的居住权，因为这可能违反了家庭关系法中关于父母对子女有抚养、教育义务的规定。

如果遇到这样的情况，建议同户口人首先尝试与户主进行协商，寻求合理的解决方案。如果协商无果，可以考虑咨询专业的法律人士或相关机构，了解自己的权利和法律途径，以便采取适当的法律措施来维护自己的合法权益。

总的来说，户主不让同户口人居住并不一定合法，具体需要根据实际情况和相关法律法规来判断。在处理这类问题时，应尊重每个人的合法权益，并寻求合法、合理的解决方案。