针对单位员工丢失涉密载体的情况，具体的处罚措施需要依据相关的法律法规以及单位内部的保密管理规定来确定。以下是一般性的处理建议：
首先，必须明确的是，涉密载体的管理对于维护国家安全和单位利益至关重要。因此，一旦发现涉密载体丢失，单位应立即启动应急响应机制，进行全力查找和补救，同时报告相关上级部门和保密管理部门。
对于丢失涉密载体的员工，单位应根据其过错程度和造成的后果，依据相关法律法规和保密规定进行严肃处理。可能的处罚措施包括但不限于：
行政处分：根据情节轻重，可给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等行政处分。在案例中，也体现了对涉密载体管理不善的员工进行了行政警告、记过等处分。
经济处罚：如罚款、扣除奖金或保密补贴等。这既是对员工个人行为的惩戒，也是对其因失职给单位造成损失的补偿。
党内处分：如果丢失涉密载体的员工是党员，还可能受到党内纪律的处分，如党内警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看、开除党籍等。
法律责任：如果丢失涉密载体的行为构成了犯罪，如泄露国家秘密罪，员工还可能面临刑事责任的追究。
除了对个人的处罚外，单位还应从管理层面进行反思和整改，加强涉密载体的全流程管理，包括制作、收发、传递、复制、借阅、保管、销毁等各个环节，都要严格遵守保密制度规定。同时，要加强保密教育和培训，提高员工的保密意识和技能水平。
综上所述，对于单位员工丢失涉密载体的情况，单位应依法依规进行严肃处理，并采取有效措施加强涉密载体的管理，防止类似事件再次发生。